Vários factores contribuíram para de alguma forma dificultar o presente estudo:
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Interrupção do Projecto PGISP - As alterações no decorrer do projecto não abonaram a seu favor. A interrupção de quase um ano devido a reestruturação da rede prisional, alheio ao programa PGISP. A extinção de uma unidade prisional, a de Castelo Branco Regional, quando as duas primeiras medições haviam contado com este estabelecimento. Daí que os EP Piloto tivessem sido reduzidos para quatro, continuando os Controlo com cinco estabelecimentos.
Esta situação parece ter tido consequências menos boas para o projecto, aparentemente de duas formas:
1 - A primeira com a extinção de uma unidade mensurável, a segunda porque a paragem de cerca de um ano interrompeu o calendário do PGISP e todos os que estavam envolvidos e nele acreditavam, deixando-os em suspense. Não sendo um dado científico, foi possível tirar algum significado dos desabafos espontâneos de muitos intervenientes nos nove estabelecimentos em estudo, aquando da aplicação dos questionários. Havia na verdade um sentimento de descrédito sobre as intenções dos decisores, bem como dúvidas sobre a consolidação do projecto.
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Quantidade de questionários aplicados - A segunda dificuldade está inerente à bateria de questionários que os inquiridos tinham de responder referentes ao PGISP. Na verdade, o cansaço dos inquiridos, após 45 minutos de questões, pode ter, de alguma forma, influenciado os resultados.
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Ser o penúltimo - Vem em sequência da anterior. O questionário para o presente estudo foi aplicado juntamente com os do PGISP, sendo o penúltimo a ser preenchido. Portanto, cada inquirido já despendera de cerca de 20 a 25 minutos a preencher questionários.
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A redundância - Os questionários PGISP já contemplavam a vertente Clima, pelo que a repetição do tema (não das perguntas) motivou algumas dúvidas e desconfiança.
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Reuniões do Conselho em Alcoentre e Leiria - O facto de, em dois momentos, Alcoentre e Leiria, ter havido reunião do Conselho impediu a aplicação de inquéritos da parte da tarde a técnicos administrativos e a técnicos superiores.
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Decisões do Executivo - No período que mediou o segundo e o terceiro momentos de medição, o Governo português tomava decisões sobre condições de trabalho e regalias dos funcionários públicos (reformas, carreiras, regalias de saúde, etc.) que afectou também o sistema prisional. Deu-se conta de algum mal-estar geral do pessoal quanto à disponibilidade e à satisfação, que, não tendo a ver com o sistema prisional em si, contagiou a percepção de Clima.
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Complexidade estatística - Por último, de realçar alguma dificuldade no tratamento estatístico por ser algo extenso. Mais de 318 inquiridos, quatro categorias profissionais, dois grupos de EP (Controlo e Piloto) e dados biográficos. Comparar todos estes elementos, atendendo ainda a três construtos, Clima, Auto-Eficácia e Stresse, constituiu tarefa delicada, morosa e arriscada.
